Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Muslim Indonesia didirikan pada Tanggal 19 Juni 1987, dengan Nomor Akta 407 Tahun 1987, yang terdiri dari 2 (dua) Jurusan yaitu Budiddaya Perairan (BDP) dan Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan (PSP). Seiring dengan meningkatnya kebutuhan untuk menghasilkan lulusan yang profesional dalam menerapkan prinsip eksplorasi dan eksploitasi maka Tahun 2000 Fakultas Perikanan menambah satu Jurusan/Program Studi lagi yaitu Ilmu Kelautan berdasarkan SK Dikti Nomor 363/DIKTI/Kep/2000 tertanggal 16 Oktober 2000 sehingga Fakultas ini berubah nama menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Besarnya potensi sumberdaya laut, pesisir dan pulau-pulau kecil di Indonesia khususnya di Indonesia Bagian Timur menyebabkan jumlah peminat mahasiswa jurusan Perikanan dan Ilmu Kelautan akan terus meningkat dimasa yang akan datang.
Akreditasi dari BAN PT masing-masing ke tiga jurusan/program studi mendapatkan nilai A yaitu Budidaya Perairan No. 5001/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2017, Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan dengan No. 45/SK/BAN-PT/Akred/S//2018 dan Ilmu Kelautan No. 2507/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2016.
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan dalam kurung waktu kurang lebih 30 tahun usian fakultas, telah 6 kali melakukan pergantian dekan. Sejak bulan Mei 2013 Dekan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan UMI adalah Dr. Ir. ASBAR, M.Si dengan 4 (empat) orang Wakil Dekan yaitu Wakil Dekan Bidang Akademik, Wakil Dekan Administrasi dan Keuangan, Wakil Dekan Kemahasiswaan dan Wakil Dekan Pengembangan Kampus Islami.